Ο Παναθηναϊκός έμαθε το πλήρες πρόγραμμα και τη σειρά των έξι αντιπάλων του για τη League Phase του Conference League, μετά την κλήρωση που πραγματοποιήθηκε μεσημέρι Παρασκευής και την επίσημη ανακοίνωση της UEFA. Η ευρωπαϊκή πορεία των πράσινων στη διοργάνωση θα ξεκινήσει στις 15 Οκτωβρίου 2026 με την εντός έδρας αναμέτρηση κόντρα στην Μπόρατς στις 19:45, ενώ στη συνέχεια θα ακολουθήσει η δοκιμασία εκτός έδρας απέναντι στην Καϊράτ στις 22 Οκτωβρίου 2026 στις 17:30.
Η τρίτη αγωνιστική φέρνει τον Παναθηναϊκό αντιμέτωπο με την ΤΣΣΚΑ Σόφιας στο ΟΑΚΑ στις 5 Νοεμβρίου 2026, με ώρα έναρξης τις 22:00. Στις 26 Νοεμβρίου 2026, η ομάδα θα ταξιδέψει στη Δανία για να αντιμετωπίσει τη Νόρτζελαντ στις 22:00, ενώ στις 10 Δεκεμβρίου 2026 θα αγωνιστεί εκτός έδρας κόντρα στη Φράιμπουργκ στις 19:45. Η αυλαία της League Phase θα πέσει στις 17 Δεκεμβρίου 2026, με τον Παναθηναϊκό να υποδέχεται στο ΟΑΚΑ την Μπράιτον στις 22:00, σε ένα παιχνίδι που ξεχωρίζει στο πρόγραμμα.
Σε ό,τι αφορά το τηλεοπτικό τοπίο, όλες οι αναμετρήσεις των πράσινων στη φάση θα μεταδοθούν ζωντανά από την COSMOTE TV, ενώ παράλληλα το ελεύθερο κανάλι του ΑΝΤ1 έχει εξασφαλίσει το δικαίωμα της πρώτης επιλογής από τα παιχνίδια του Europa League και του Conference League σε κάθε αγωνιστική. Στη διοργάνωση συμμετέχουν συνολικά 36 ομάδες σε ενιαίο βαθμολογικό πίνακα, δίνοντας τρία παιχνίδια εντός και τρία εκτός έδρας.
Οι πρώτες οκτώ θέσεις της βαθμολογίας θα εξασφαλίσουν την απευθείας πρόκριση στη φάση των 16, ενώ οι ομάδες από την 9η έως τη 24η θέση θα οδηγηθούν σε διπλούς αγώνες playoffs. Οι τελευταίες 12 ομάδες του ενιαίου ομίλου αποκλείονται από τη συνέχεια των ευρωπαϊκών διοργανώσεων.