Μία ολόκληρη εποχή στην ιστορία του Παναθηναϊκού συνδέθηκε άρρηκτα με την παρουσία του Γιώργου Βαρδινογιάννη, ο οποίος έφυγε από τη ζωή σε ηλικία 90 ετών. Ο πρώην ισχυρός άνδρας των «πράσινων», γνωστός στον χώρο του αθλητισμού ως «Καπετάνιος», καθοδήγησε διοικητικά τον σύλλογο από το 1979 έως το 2000, συνδέοντας το όνομά του με σπουδαίες διακρίσεις εντός και εκτός συνόρων.
Κατά τη διάρκεια της θητείας του στην προεδρία, ο Παναθηναϊκός κατέκτησε έξι πρωταθλήματα Ελλάδας τις σεζόν 1983-84, 1985-86, 1989-90, 1990-91, 1994-95 και 1995-96, πετυχαίνοντας μάλιστα δύο φορές συνεχόμενα νταμπλ ή διαδοχικούς τίτλους. Παράλληλα, η ομάδα πανηγύρισε την κατάκτηση εννέα Κυπέλλων Ελλάδας τις χρονιές 1982, 1984, 1986, 1988, 1989, 1991, 1993, 1994 και 1995, εδραιώνοντας την κυριαρχία της στο εγχώριο στερέωμα.
Σε ευρωπαϊκό επίπεδο, ο σύλλογος έγραψε χρυσές σελίδες με κορυφαίες στιγμές την παρουσία στα ημιτελικά του Κυπέλλου Πρωταθλητριών το 1985 και αντίστοιχα στο Champions League το 1996. Ξεχωριστό ορόσημο αποτέλεσε η ιστορική επικράτηση επί του Άγιαξ στο Άμστερνταμ με 1-0, χάρη στο τέρμα του Κριστόφ Βαζέχα, παρά τον επακόλουθο αποκλεισμό στη ρεβάνς της Αθήνας.
Την ίδια περίοδο, τη φανέλα του Παναθηναϊκού φόρεσαν σπουδαίοι ποδοσφαιριστές, όπως ο Δημήτρης Σαραβάκος, ο Βέλιμιρ Ζάετς, ο Κριστόφ Βαζέχα, ο Γιόζεφ Βάντσικ και ο Χουάν Χοσέ Μπορέλι. Η πολυετής διοικητική πορεία του Γιώργου Βαρδινογιάννη άφησε ανεξίτηλο αποτύπωμα στην ιστορία του συλλόγου, διαμορφώνοντας μια από τις πιο επιτυχημένες περιόδους του ελληνικού ποδοσφαίρου.