Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης συνέδεσε το όνομά του με μια ολόκληρη εποχή για τον Παναθηναϊκό, αναλαμβάνοντας τα ηνία του συλλόγου τον Ιούλιο του 1979. Η είσοδός του στη διαδικασία κάλυψης του μετοχικού κεφαλαίου της νεοσύστατης ΠΑΕ οδήγησε την οικογένεια Βαρδινογιάννη στην απόκτηση του πλειοψηφικού πακέτου, ξεπερνώντας τον αρχικό στόχο των ογδόντα εκατομμυρίων δραχμών. Λίγους μήνες αργότερα, τον Νοέμβριο του 1979, ανέλαβε επίσημα την προεδρία της ΠΑΕ, διαχειριζόμενος τα καθημερινά ζητήματα της ομάδας.
Η διοικητική του θητεία σημαδεύτηκε από σπουδαίες υποδομές και μεγάλες αθλητικές επιτυχίες, με κορυφαίο σταθμό τα εγκαίνια του προπονητικού κέντρου στην Παιανία τον Δεκέμβριο του 1981. Ο πρώτος τίτλος ήρθε τον Ιούνιο του 1982 με την κατάκτηση του Κυπέλλου απέναντι στην ΑΕΛ, ενώ ακολούθησε το νταμπλ της περιόδου 1983-1984 υπό τις οδηγίες του Γιάτσεκ Γκμοχ. Στην ευρωπαϊκή σκηνή, το Τριφύλλι έφτασε μέχρι τους ημιτελικούς του Κυπέλλου Πρωταθλητριών το 1985 και του Champions League το 1996, πετυχαίνοντας ιστορικές νίκες απέναντι σε κορυφαίους αντιπάλους όπως ο Άγιαξ.
Η πορεία αυτή περιλάμβανε επίσης έντονες στιγμές και εγχώριες μάχες, όπως ο αξιομνημόνευτος τελικός Κυπέλλου του 1988 και οι σκληρές αναμετρήσεις κορυφής. Μετά από σχεδόν είκοσι μία χρόνια παρουσίας στην ηγεσία της ΠΑΕ, ο Γιώργος Βαρδινογιάννης ανακοίνωσε την αποχώρησή του τον Μάιο του 2000, εκφράζοντας την απογοήτευσή του για τη στάση της Πολιτείας απέναντι στα αθλητικά δρώμενα.