Ήταν 29 Μαΐου του 2000 όταν οι εκπρόσωποι του Τύπου συγκεντρώθηκαν στις εγκαταστάσεις της Παιανίας για μία έκτακτη συνέντευξη Τύπου που είχε συγκαλέσει ο Γιώργος Βαρδινογιάννης. Οι φήμες για πιθανή αποχώρησή του από την ηγεσία της ΠΑΕ κυκλοφορούσαν από τις προηγούμενες ημέρες, ωστόσο η οριστική απόφαση ανακοινώθηκε επίσημα από τον ίδιο. Παρότι το ενδεχόμενο αυτό είχε αρχίσει να διαφαίνεται μέσα από αινιγματικές δηλώσεις που είχε κάνει κατά τη διάρκεια παραμονής του στις Ηνωμένες Πολιτείες, η είδηση προκάλεσε αίσθηση στον αθλητικό κόσμο.
Ο πρώην ισχυρός άνδρας του συλλόγου εξήγησε στους δημοσιογράφους τους λόγους που τον οδήγησαν σε αυτή την κρίσιμη απόφαση, ξεκαθαρίζοντας ότι δεν είχε ενημερώσει κανέναν, ούτε καν τα μέλη της οικογένειάς του, προκειμένου να αποφύγει πιθανές πιέσεις για αλλαγή στάσης. Όπως τόνισε χαρακτηριστικά, η πορεία του ελληνικού ποδοσφαίρου τον είχε φέρει σε δίλημμα ανάμεσα στους ηθικούς του κανόνες και σε πιθανούς συμβιβασμούς, επιλέγοντας τελικά την αποχώρηση προκειμένου να διαφυλάξει την αξιοπρέπειά του. Παράλληλα, εξαπέλυσε σφοδρή κριτική στην Πολιτεία για την απουσία ελέγχου και εποπτείας στο χώρο του ποδοσφαίρου, καθώς και για ζητήματα που αφορούσαν τις εκλογές στην ομοσπονδία.
Κατά τη διάρκεια του απολογισμού της εικοσαετούς και πλέον θητείας του, υπενθύμισε τις σπουδαίες ευρωπαϊκές πορείες του συλλόγου, όπως αυτή του 1996, οι οποίες είχαν ενισχύσει σημαντικά τη συνολική βαθμολογική θέση της Ελλάδας στην Ευρώπη. Απαντώντας σε ερωτήσεις σχετικά με το παρελθόν και τις επικρίσεις που είχε δεχθεί, υπογράμμισε ότι οι αθλητικές εγκαταστάσεις στην Παιανία δημιουργήθηκαν αποκλειστικά με δικά του κεφάλαια, απορρίπτοντας κάθε σκέψη περί εμπορικών σκοπιμοτήτων. Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης ολοκλήρωσε τη θητεία του αφήνοντας ανεξίτηλο αποτύπωμα στη σύγχρονη ιστορία του Παναθηναϊκού και του ελληνικού αθλητισμού συνολικότερα.