Η κλήρωση της φάσης των ομίλων του Conference League δεν αποδείχθηκε ευνοϊκή για τον Παναθηναϊκό, φέρνοντας στον δρόμο του απαιτητικούς αντιπάλους από ισχυρά πρωταθλήματα της Ευρώπης. Από το πρώτο γκρουπ δυναμικότητας, το Τριφύλλι κληρώθηκε με τη Φράιμπουργκ, μια σταθερή δύναμη της Μπουντεσλίγκα, ενώ από το δεύτερο γκρουπ προέκυψε η Μπράιτον, ομάδα προερχόμενη από την Πρέμιερ Λιγκ.
Οι δυσκολίες συνεχίστηκαν και στα υπόλοιπα γκρουπ, καθώς η ομάδα θα κληθεί να ταξιδέψει στο μακρινό Καζακστάν για να αντιμετωπίσει την Καϊράτ Αλμάτι, σε μια απαιτητική διαδικασία με επιπτώσεις στο καλεντάρι. Παράλληλα, από το προτελευταίο γκρουπ οι Πράσινοι έπεσαν πάνω στη Νόρτζελαντ από τη Δανία, αποφεύγοντας τα βατά σενάρια που υπήρχαν στη συγκεκριμένη κατηγορία.
Η μοναδική ευνοϊκή στιγμή της κλήρωσης εντοπίζεται στο τρίτο γκρουπ δυναμικότητας, όπου η Μπόρατς Μπάνια Λούκα χαρακτηρίζεται ως ιδανική αντίπαλος. Τα παιχνίδια εντός έδρας με τους Βόσνιους και την ΤΣΣΚΑ Σόφιας αποτελούν τα βασικά στηρίγματα για την εξασφάλιση της πρόκρισης, παρότι ο σύλλογος προετοιμάζεται για μια σειρά αγώνων που θυμίζουν περισσότερο διοργάνωση Γιουρόπα Λιγκ.