Η ιστορία του Παναθηναϊκού σημαδεύτηκε το 1931 από μια σφοδρή διοικητική και οικονομική σύγκρουση, η οποία οδήγησε στη δημιουργία μιας ξεχωριστής ομάδας με τα ίδια χρώματα και σύμβολο. Η διαμάχη μεταξύ του Απόστολου Νικολαΐδη και του παράγοντα Σταμάτη Μερκούρη κατέληξε στην επικράτηση της πλευράς του Νικολαΐδη και στη διαγραφή στελεχών, ανάμεσα στα οποία βρισκόταν και ο ιδρυτής του συλλόγου, Γιώργος Καλαφάτης.
Παράλληλα, οι ποδοσφαιριστές αντέδρασαν στο οικονομικό καθεστώς και στην άρνηση να ταξιδέψουν στη Θεσσαλονίκη, με αποτέλεσμα να δεχθούν βαριές ποινές αποκλεισμού το 1932. Οι τιμωρημένοι αθλητές συγκρότησαν την ομάδα «Πράσινα Πουλιά», η οποία φορούσε πράσινες και άσπρες φανέλες, διατηρούσε το τριφύλλι ως σήμα και αγωνιζόταν στο γήπεδο του Πανελληνίου σε φιλικές αναμετρήσεις.
Η αντίδραση της επίσημης πολιτείας και του ποδοσφαιρικού κόσμου ήταν άμεση, καθώς η ΕΠΟ απαγόρευσε στα άλλα σωματεία να παραχωρούν γήπεδα ή να βοηθούν με οποιονδήποτε τρόπο τη νέα ομάδα, ενώ οι παίκτες αποκλείστηκαν και από την Εθνική ομάδα. Η εσωτερική κρίση τερματίστηκε το 1933 με την παρέμβαση του προέδρου Νικόλαου Ξηρού, γεγονός που επέτρεψε στους ποδοσφαιριστές και στον Γιώργο Καλαφάτη να επιστρέψουν κανονικά στον Παναθηναϊκό.